Grâce à sa traduction d'une ancienne tablette, Jonas pense avoir réussi à localiser la Cité perdue. O'Neill et son équipe se rendent sur les lieux. Parmi les habitants qui occupent les vestiges de la ville, O'Neill et Sam reconnaissent Daniel Jackson, qu'ils croyaient mort. Devenu amnésique, Daniel accepte toutefois de rentrer à la base dans l'espoir de recouvrer la mémoire. Petit à petit, son passé refait surface. Contrairement à Jonas, il est sûr que les ruines explorées ne sont pas celles de la Cité perdue des Anciens. Il estime que ceux-ci ont effacé des textes toutes les traces de cette ville afin qu'elle reste définitivement introuvable...