Toute l'équipe apprend la véritable identité de Shepherd et comprend que celle-ci est liée à Weller depuis des années : tout est remis en cause. Weller tente d'en savoir plus sur les motivations de Shepherd en interrogeant Sean Clarke, l'un de ses anciens collègues. Les agents enquêtent sur un dénommé Jared Wisnewski, leader d'un groupe de fermiers militants. Opposés aux décisions du gouvernement, ces derniers ont prévu une attaque à la bombe. Weller réalise que Wisnewski n'est autre qu'un informateur du FBI, enrôlé par Boyd. De son côté, Jane se met à fréquenter Oliver Kind...