L'équipe du NCIS cherche par tous les moyens possibles à prouver l'innocence de leur agent, Kensi Blye, après que celle-ci a été incarcérée comme principale suspecte du meurtre d'un sniper qui appartenait à l'unité de son père. Granger la soupçonne de vouloir venger le meurtre de son père tandis que l'équipe cherche le vrai coupable. Toutes les preuves qui pourraient incriminer la jeune femme sont dissimulées par G Callen et ses troupes, qui cherchent à savoir si la CIA est impliquée dans cette affaire...