Deux hommes ont été assassinés de la même façon, au même moment, mais à des centaines de kilomètres de distance. L'affaire échoit aux agents Mulder et Scully. Ils ne tardent pas à découvrir que les victimes avaient un point commun : chacun des hommes était père d'une fillette de 8 ans. Or les deux enfants ont disparu dans de mystérieuses circonstances. Intrigués et certains que ces disparitions sont l'une des pièces du puzzle, Mulder et Scully se lancent à la recherche des petites filles. Rapidement, ils acquièrent la conviction que ces enfants sont de vraies jumelles, le fruit de recherches eugéniques menées dans le plus grand secret par le gouvernement américain...