Une fois n'est pas coutume, le FBI et la CIA ont uni leurs forces pour tenter de capturer Jacob Steven Haley, le second d'un groupe de terroristes connu sous le nom de "Spartiates", oeuvrant pour déstabiliser le gouvernement fédéral. Mais l'opération a échoué pour des raisons obscures. Scully est persuadée que Mulder, présent sur les lieux de l'opération ratée, a délibérément laissé filer le terroriste. Mulder dément catégoriquement. Au cours de l'opération, un trafiquant d'armes a apparemment été empoisonné avec une substance protéique, une toxine qui affecte l'épiderme et qui proviendrait d'une manipulation génétique...