Les agents Dana Scully et Fox Mulder circulent sur la route nationale 375, celle-là même qui passe près de la "Zone 51", une base militaire aux activités particulières. Grâce à un de ses informateurs, Mulder a appris que des expériences secrètes utilisant une technologie extraterrestre y seraient pratiquées. En compagnie de Scully, il entend découvrir la vérité. Mais les deux officiers du FBI sont arrêtés par les militaires. Au même moment, un appareil mystérieux apparaît dans le ciel et survole le groupe. Un phénomène incroyable se produit : Fletcher, le chef de la patrouille armée, et Mulder sont victimes d'un transfert d'identité. Troublée par celui qu'elle prend pour Mulder, Scully reste néanmoins sourde aux appels du vrai Mulder...