Dana Scully passe les fêtes de fin d'année à San Diego, en compagnie de son frère Bill et de sa belle-soeur Tara. Peu de temps après son arrivée, Dana reçoit un appel anonyme assez inquiétant. Après avoir alerté la police, elle se rend dans la maison d'où le coup de téléphone a été donné. Dans la salle de bain, les forces de l'ordre découvrent le cadavre de Roberta Sim, la propriétaire des lieux, qui semble s'être donné la mort. Selon la police, aucun appel téléphonique n'a été passé depuis cette maison. Lorsque Scully présente ses condoléances au mari de la victime et à sa fille, elle est profondément troublée : l'enfant, prénommée Emily et âgée de 3 ans, ressemble comme deux gouttes d'eau à sa propre soeur au même âge. Or, Melissa, la soeur de Scully, a disparu depuis des années...