En voulant améliorer les performances de l'appareil de Merlin, un incident se produit : Carter est transportée dans un univers parallèle où le programme Stargate se révèle différent en raison d'une modification de l'histoire. La Terre est menacée par une flotte ori et Carter propose d'utiliser le dispositif de Merlin pour dissimuler toute la planète. Elle découvre aussi que Hank Landry est président, qu'il a imposé la loi martiale et que le programme Stargate est connu de tous. Carter aimerait retrouver son monde, mais rejoindre sa dimension ne s'avère pas un défi facile à relever...