Grâce à l'aide des Wraiths et de Larrin, l'équipe d'Atlantis a réussi à détruire les Réplicateurs. Avant l'anéantissement de leur planète, un vaisseau wraith réussit à s'emparer de deux E2PZ. Une semaine plus tard, McKay capte le signal du mouchard installé sur l'appareil wraith. Toute l'équipe décide de partir à sa recherche. Ils découvrent alors les coordonnées d'une base secrète des Wraiths...