Sur Atlantis, Rodney McKay, Elizabeth Weir et leurs équipiers sont toujours les prisonniers des Genii. Seul Sheppard a réussi à leur échapper. Pendant ce temps, Tayla Emmagan, Aiden Ford et Carson Beckett sont bloqués sur le continent, tandis que la tempête s'intensifie. Les habitants de la ville sont évacués car les vents violents qui se sont levés menacent leur sécurité. Rodney McKay cherche un moyen d'alimenter les boucliers, car Atlantis est de plus en plus menacée...