Sur Terre, le général Landry apprend qu'une bombe a été placée sur Atlantis. Toute activation de la Porte des étoiles afin de communiquer avec la Terre suffirait à la déclencher. En apprennant la nouvelle, le docteur Weir décide de couper la principale source d'énergie de la cité. Dès lors, Atlantis est à nouveau visible des Wraith. Ceux-ci ne tardent pas à la découvrir. Par ailleurs, toute l'équipe s'interroge sur l'identité du poseur de bombes. Les suspicions vont bon train, créant une atmosphère très tendue. De son côté, Teyla est sur le point de perdre un être cher...