La planète Atlantis subit une terrible tempête, qui risque de faire d'énormes dégâts. Afin de préserver la population, Sheppard et Ford se rendent sur une autre planète pour négocier l'évacuation d'Atlantis. Pendant ce temps, McKay et Zelenka cherchent le moyen d'alimenter le bouclier de protection de la planète, balayée par les vents. Les conditions climatiques rendent l'opération presqu'impossible. Avant que l'évacuation ne débute et que le bouclier ne soit activé, les Genii sont informés de la situation. Atlantis étant à présent vulnérable, ils pourraient en profiter pour attaquer à tout moment...