Le docteur Weir, MacKay et Sheppard ont quitté la Terre, où ils ont passé quelques jours de repos, et font route vers Atlantis à bord du Dédale. Alors qu'ils traversent la galaxie de Pégase, un scientifique meurt électrocuté. L'équipage pense d'abord à un court-circuit. Lorsqu'un second scientifique décède dans les mêmes circonstances, McKay comprend qu'il ne s'agit pas d'un accident et soupçonne la présence d'un saboteur. Avec l'aide d'Hermiod, un Asgard, il découvre qu'un virus Wraith a infesté leur système informatique. L'équipe doit agir au plus vite, le virus étant programmé pour conduire le vaisseau dans le repaire des Wraith...