Lex Luthor éprouve un choc : son père a fermé la plantation de Smallville pour le forcer à retourner à Metropolis. Pendant ce temps, Clark se prépare pour son rendez-vous galant avec Chloe. Il ignore que Roger Nixon, un journaliste engagé par Luthor, a découvert son secret en espionnant sa famille. Roger Nixon utilise la clef trouvée par Lex Luthor pour activer le vaisseau spatial, au moment précis où trois tornades se dirigent sur Smallville. Les ouragans endommagent la demeure des Luthor, blessant grièvement Lionel, le père de Lex. De son côté, Whitney intègre le corps d'élite des marines...