Clark est revenu à Smallville, dans une boule de feu, en tant que Kal-El. Il possède un nouveau pouvoir, celui de voler, mais a totalement perdu son identité humaine ainsi que ses souvenirs. Conscient qu'il ne peut pas se soustraire à sa destinée, il est à la recherche d'un cristal de kryptonite dont Lex Luthor s'est emparé en Egypte. Au même moment, Lois Lane fait route elle aussi vers Smallville, afin d'enquêter sur la mort mystérieuse de sa cousine Chloe. Lana, quant à elle, rentre de son voyage à Paris avec un nouveau petit ami, Jason. Trois mois après son attaque cérébrale, Jonathan est toujours plongé dans un coma végétatif, tandis que Lionel s'habitue très difficilement à la vie carcérale et à l'isolement...