Tandis que Jessie, James et Miaouss complotent à nouveau pour capturer Pikachu, ils sont interrompus par deux mystérieux personnages : une femme au visage à demi masqué par un capuchon, qui se fait appeler Madame X, et Sepiatroce, un Pokémon aux incroyables pouvoirs hypnotiques. Jessie et James tombent rapidement sous sa coupe mais Miaouss réussit à s'échapper...