La Team Flare semble vaincue : Lem a détruit le système de contrôle, et Alain et Sacha ont poussé Lysandre dans ses derniers retranchements. Mais en disparaissant, le bandit a promis que son monde nouveau verrait le jour. Pendant ce temps, Martine et Serena portent secours à Mariss', mais assistent avec horreur à son absorption par la mystérieuse Pierre Géante, qui change de forme pour ressembler à Zygarde...