Anton Malek, un espion qui a travaillé sur un programme de recherche nucléaire il y a bien des années, s'est introduit dans une centrale nucléaire. Alors qu'il souffre d'une maladie incurable, il a décidé de transformer un réacteur nucléaire en bombe atomique. L'équipe d'IMF est contactée pour tenter de mettre fin au compte à rebours enclenché. Jim Phelps décide d'envoyer l'agent Wai Lee dans la centrale, en la faisant passer pour une artiste fantasque chargée de remplacer l'une des vitres du complexe. Wai Lee essaye de convaincre Malek d'interrompre le décompte...