McGarrett est arrêté alors qu'il enquête sur la mort d'un de ses amis SEAL sur un porte-avions. Ce dernier a succombé à une blessure par balle après un atterissage d'urgence avec un bébé non identifié à bord. Emma Warren avait pourtant interdit à Steve de mener l'enquête pour innocenter son ami. Adam revient quant à lui à Oahu avec des nouvelles désastreuses concernant son mariage...