Coulson et son équipe reviennent dans le présent. Mais c'est pour découvrir qu'ils figurent sur la liste des criminels les plus recherchés par le gouvernement. Sachant qu'il va se faire arrêter, Johnson doit quitter le bunker pour ne pas causer de tort au reste de l'équipe. Une femme dirige les forces gouvernementales et déclenche une série d'événements susceptibles d'aboutir à l'avenir déjà vécu par l'équipe...