Durant une promenade, au Kazakhstan, deux jeunes hommes voient passer un étrange objet volant. Inquiets et effrayés, ils prennent rapidement le chemin du retour. Mais, à l'approche de leur village, ils découvrent, horrifiés, qu'une gigantesque explosion vient d'en souffler les habitations. L'armée russe, présente sur les lieux, arrête l'un des jeunes hommes, Dimitri, tandis que l'autre disparaît dans la nature. Pendant ce temps, aux Etats-Unis, Fox Mulder participe à un forum au cours duquel il soutient que les militaires mettent au point de nouvelles armes chimiques et font courir le bruit de l'arrivée d'extraterrestres sur Terre pour détourner l'attention de leurs recherches...