Après avoir étudié une photographie du vaisseau spatial extraterrestre découvert dans une baie de Côte d'Ivoire, Scully est désormais persuadée que d'autres formes de vie, extraterrestres ou non, ont colonisé la Terre. Elle compte retrouver Mulder pour en discuter avec lui, mais il a disparu. Tout semble indiquer que l'homme à la cigarette l'a enlevé. Celui-ci cherche en fait à convaincre l'agent du FBI de quitter définitivement la scène. Scully met tout en oeuvre pour retrouver son partenaire. Malgré ses efforts, elle n'obtient que peu de résultats...