Les agents du FBI Mulder et Scully se rendent à la base d'Ellen Air Force pour enquêter sur la mystérieuse disparition d'un pilote, le lieutenant colonel Budahas, qui a manifesté un comportement étrange à l'hôpital où il était traité. Alors qu'il travaille sur ce dossier, Mulder rencontre un homme surnommé «Gorge profonde», qui prétend posséder des informations secrètes sur les phénomènes paranormaux. Mulder découvre également que six autres pilotes de l'armée américaine ont disparu dans les mêmes conditions que Budahas après avoir présenté des comportements psychotiques inexplicables lors de leur hospitalisation...