Le président Kirkman et son équipe reçoivent une information jugée sérieuse qui affirme qu'une bombe de déchets nucléaires se trouverait sur le sol américain. Avec l'aide du FBI, une course contre la montre s'engage afin de retrouver l'engin et son responsable. De son côté, Emily demande à Chuck de l'aider à résoudre une affaire qui pourrait avoir des conséquences dangereuses et illégales...