Quelques minutes après son décollage de l'aéroport JFK, à New York, le vol TWA 800 est détruit par une énorme explosion. Avec un possible attentat sur les bras, le FBI prête main forte aux enquêteurs de la NTSB, qui cherche des réponses. Les deux agences espèrent des résultats rapides, mais l'enquête sur le vol TWA 800 va finir par les monter l'une contre l'autre, et devenir l'enquête la plus longue, la plus coûteuse et la plus ambitieuse jamais réalisée.