Après avoir sauvé de justesse la vie du président des Etats-Unis, les agents Pete Lattimer et Myka Bering sont envoyés dans le Dakota du Sud. Ils se retrouvent au beau milieu de nulle part, devant la porte d'un immense bâtiment, apparemment désaffecté. Surgit alors Artie Nielsen, un homme qui se présente d'une part comme le responsable de ce mystérieux entrepôt numéro 13, dépendant des services secrets, et d'autre part comme leur nouveau chef. Il leur explique que l'entrepôt renferme des objets qui ont un rapport avec le fantastique et le surnaturel et qui sont préservés par le gouvernement américain...