Les deux trains se sont séparés. Certains sont restés à bord du Transperceneige, dont Melanie, tandis que Layton et les passagers de la Belle Alice ont atteint le Nouvel Eden, à l'air libre. Neuf mois plus tard, alors que la petite communauté s'organise dans l'attente d'entrer en contact avec le Transperceneige, les survivants vont devoir faire face à une nouvelle menace….