A Hawaii, Jane Tennant est à la tête de l'agence locale du NCIS. Avec son équipe, composée de Kai Holman, Jesse Boone, Ernie Malik et Lucy Tara, elle a pour mission d'enquêter sur les crimes en lien avec la sphère au militaire ou la sécurité nationale. Pour les agents, il s'agit de maintenir l'équilibre entre un métier qui les amène parfois dans des situations risquées et une vie privée parfois compliquée. Après une déclinaison à Los Angeles et une autre à La Nouvelle-Orléans, cap sur le Pacifique et la base navale de Pearl Harbor avec cette nouvelle franchise de NCIS. Le NCIS fait la course contre la montre pour retrouver la femme d'un marine, kidnappée contre une demande de rançon, et son ravisseur, tout en découvrant de sombres secrets. Sam fait appel à Ernie pour l'aider à décrypter un logiciel informatique potentiellement mortel...