A Hawaii, Jane Tennant est à la tête de l'agence locale du NCIS. Avec son équipe, composée de Kai Holman, Jesse Boone, Ernie Malik et Lucy Tara, elle a pour mission d'enquêter sur les crimes en lien avec la sphère au militaire ou la sécurité nationale. Pour les agents, il s'agit de maintenir l'équilibre entre un métier qui les amène parfois dans des situations risquées et une vie privée parfois compliquée. Après une déclinaison à Los Angeles et une autre à La Nouvelle-Orléans, cap sur le Pacifique et la base navale de Pearl Harbor avec cette nouvelle franchise de NCIS. Lorsque la fiancée d'un officier naval disparu vient chercher l'aide du NCIS, l'équipe lui révèle que ses secrets vont bien plus loin que ce qu'elle imaginait. Sam recrute Kai pour être son bras droit...