Sur l'île de Mele-Mele, un Araqua quitte son nid pour chercher un point d'eau où il pourrait vivre. En chemin, il est assez mal accueilli par certains Pokémon qui n'aiment pas les intrus. Araqua porte une bulle d'eau sur la tête qui lui permet de respirer sur la terre ferme. Et quand il aperçoit Néphie coiffée de l'une des bulles d'air d'Otaquin, il pense qu'elle aussi est un Araqua. Les élèves de l'école Pokémon vont observer Araqua dans sa quête...