Une amie de Jerry, théoricienne du complot comme lui, se fait abattre sous ses yeux par un sniper alors qu'elle venait de le retrouver à Hawaii. Elle était sur le point de prouver que les membres de l'administration Kennedy auraient secrètement organisé l'assassinat du président depuis Hawaii en novembre 1963. Tandis que Jerry poursuit les investigations menées par son amie, McGarrett et Danny se lancent à la recherche du meurtrier. Avec cette nouvelle enquête, l'équipe est replongée dans l'un des mystères les plus fascinants de l'histoire...