La Machine est totalement décompressée et semble à nouveau en état de marche. Root attend désormais qu'elle remette en place ses identités changeantes afin de pouvoir retourner hors de la base du métro. Cependant, la Machine subit quelques bugs, notamment au niveau de la reconnaissance faciale. Avec l'aide de John, il décide d'aller voler 64 processeurs graphiques de nouvelle génération qui, une fois connectés aux Playstation 3, permettent à la Machine de fonctionner à pleine puissance. Mais l'appareil ne parvient plus à remettre les choses dans leur contexte et perd toute notion du temps. Elle confond le passé et le présent, identifiant Root, Finch et John comme des personnes dangereuses au vu des crimes et délits qu'ils ont commis par le passé...