Un nouveau capitaine prend la tête du département de police de Gotham. Nathaniel Barnes, un ancien marines, est bien déterminé à nettoyer la ville de ses crimininels. Il désigne Gordon pour le seconder et lui demande de former une unité d'élite avec les meilleurs jeunes diplômés de l'académie de police. Pendant ce temps, Théo Galavan projette de détruire le centre de Gotham afin d'y construire une ville à son image : totalement mégalomane. Il a mis au point un plan diabolique : il détient la mère du Pingouin prisonnière et oblige celui-ci à éliminer les candidats au poste de maire de Gotham. Il espère ainsi se présenter en héros, sans aucune concurrence aux élections...