A Quantico, Liam O'Connor a chargé son agent infiltré, Ryan Booth, de surveiller Alex Parrish. L'exercice du jour pour les jeunes recrues, en collaboration avec les analystes du FBI, consiste à apprendre à déjouer un attentat en préparation. Quelques mois plus tard, à New York, Parrish a pu s'évader lors de son transfert grâce à la directrice du centre, Miranda Shaw, et doit maintenant prouver son innocence alors que les preuves s'accumulent contre elle...