Alors que Noël approche à grands pas, le virus Omen fait toujours des ravages : il s'attaque notamment au site de vente Buy More et à la prison qui détient Daniel Shaw, ancien partenaire de l'équipe Bartowski et ex-compagnon de Sarah. L'intervention du virus ouvre sa cellule et il en profite pour s'évader de prison. Il décide alors d'enlever Sarah pour l'échanger contre le nouvel Intersecret 3.0...