Un professeur de la prestigieuse université de Stanford demande l'aide du gouvernement pour assurer sa sécurité. Il est devenu la cible d'un assassin qui tente de récupérer un dossier secret et très sensible en sa possession. C'est à Chuck de s'occuper de l'affaire, mais il hésite à retourner à Stanford, dont il avait été exclu justement à cause de ce professeur. Un événement le pousse finalement à accepter la mission dans l'espoir d'en apprendre un peu plus sur lui-même et sur la mort de son ami Bryce Larkin. Il cherche aussi à savoir pourquoi l'homme qu'il doit protéger est membre d'Intersect System...