Chuck espère que les dernières améliorations de l'Intersecret vont lui permettre de devenir un espion à part entière. Malheureusement, il échoue lors de sa formation à l'école d'espionnage, ce qui l'éloigne de Sarah. Chuck plonge alors dans une profonde dépression, dont personne ne parvient à le sortir. Lorsqu'il apprend que Casey et Sarah sont chargés d'une mission, Chuck tente de s'y immiscer pour prouver sa valeur...