Chuck Bartowski est un «geek», un passionné d'ordinateurs qui travaille au Buy More, une grande surface d'électroménager et d'électronique. Sa vie bascule le jour où Bryce Larkin, son ancien meilleur ami de Stanford, lui envoie un mail mystérieux qui contient toute la base de données d'images de la NSA et de la CIA réunies : l'Intersecret. Arrivent aussitôt John Casey, agent sous couverture de la NSA, et Sarah Walker, agent sous couverture de la CIA...