Maka, Soul, Black Star et Tsubaki doivent affronter le Dr Stein et vont vite découvrir sa puissance. Maka et Soul parviennent à exécuter une résonance des âmes et l'attaque spéciale tranche-sorcière, mais celle-là reste sans effet sur le Dr Stein. Ce dernier leur révèle alors que le combat contre lui et Sid a en fait été monté par Maître Shinigami dans le cadre de leur cours de rattrapage. Le suivant, Dr Stein devient professeur à Shibusen.