Plus d'un an s'est écoulé depuis le retour des 4400. Tom et Diana, qui ont adopté Maia, font de nouveau équipe pour enquêter sur les mystérieux événements entourant les revenants. De leur côté, Richard et Lily se sont réfugiés dans la montagne pour tenter de protéger leur bébé. Jordan Collier, qui vient de mettre un terme à son ambitieux projet immobilier «Arcadia», ouvre un nouveau centre destiné aux personnes qui ne font pas partie des 4400 mais qui souhaitent les comprendre. Il devient également le tuteur de Shawn, qu'il entraîne immédiatement dans un important programme destiné à aider les bienfaiteurs qui croient que les 4400 sont inoffensifs...