Eureka s'apprête à fêter ses soixante ans d'existence lorsque Carter et ses amis se retrouvent transportés à leur insu dans une base militaire. Ils tentent de trouver un moyen de rentrer chez eux. Ils comprennent assez rapidement qu'ils ont été envoyés dans le passé, à l'époque où Eureka était sous contrôle militaire. Pris pour un espion, Carter est assommé et conduit à l'infirmerie. Là, il retrouve Allison...