Les membres de l'équipe de l'Astraeus sont de retour sur Terre. Alors que ce voyage leur semble n'avoir duré que quelques jours, quatre années se sont écoulées. La ville d'Eureka est désormais sous le contrôle d'intelligences artificielles. Henry, tenu pour responsable de l'échec de la mission, n'est plus maire. De son côté, Jack a élevé les enfants d'Allison et fréquente Jo. A nouveau réunis, Jack, Henry et Allison tentent de renverser le régime répressif instauré par les robots...