Scorpion poursuit son enquête concernant le piratage étranger de l'arsenal américain : l'équipe a très peu de temps pour récupérer le contrôle de quatre destroyers, positionnés près des villes, et d'un sous-marin muni d'un missile nucléaire. Tandis que Sylvester tente d'obtenir l'adresse des pirates informatiques auprès d'un mafieux, l'équipe tente de couper le signal des hackers...