Après des désaccords avec Adriana Molina, Scorpion dépend maintenant d'une nouvelle directrice adjointe à la Sécurité intérieure, Katherine Cooper. Celle-ci envoie Walter, Cabe et Happy en mission secrète : embarquer à bord d'un sous-marin nucléaire afin de retrouver et de détruire un mouchard installé pour espionner les relations entre les Etats-Unis et la Chine. Mais les trois membres de Scorpion se retrouvent piégés avec l'équipage à l'intérieur du submersible quand une explosion les envoie au fond de l'océan avec une réserve d'oxygène limitée et une fonction d'autodestruction qui sera bientôt activée...