Totalement guéri de sa blessure à l'aile, Bartholomé, la chauve-souris du zoo, retourne dans la nature retrouver les siens. Alex, Marty, Melman et Gloria veulent lui rendre visite pour l'aider à s'installer dans sa nouvelle vie. Comptant sur ses instincts sauvages, Alex entend guider ses amis dans la nature. Mais celle-ci va leur réserver quelques surprises...