Le colonel Young et les militaires sont pris en otages par les membres de l'Alliance luxienne, qui souhaitent les débarquer, avec les civils, sur la prochaine planète viable. De son côté, Eli a réussi à ouvrir le sas permettant le retour de Scott et Greer, coincés à l'extérieur du Destinée. Il peut alors rejoindre Rush, Brody et Chloe, enfermés dans le laboratoire hydroponique d'où ils arrivent à prendre le contrôle d'une partie du vaisseau et à négocier ainsi la libération des leurs...