Depuis leur retour du vaisseau alien, Rush et Chloe font d'horribles cauchemars. Rush pense que les extraterrestres ont caché un traceur subspatial sur le Destinée, leur permettant de les localiser à tout moment. Tandis que le colonel Young et le lieutenant Scott explorent la coque du vaisseau, les civils, menés par Rush et Wray, opèrent un coup d'Etat et prennent le commandement des mains des militaires...