Alors que Walter a surpris un baiser entre Paige et Tim et que Happy a avoué à Toby être déjà mariée, tous deux doivent renoncer à leurs projets sentimentaux. Quoi qu'il en soit, les membres de l'équipe Scorpion doivent mettre de côté leurs problèmes pour se concentrer sur leur travail. Et leur mission ne se fait pas attendre. En effet, deux pilotes d'avion de chasse en exercice au-dessus de Los Angeles signalent que leurs appareils ont été piratés de l'étranger et qu'ils en ont totalement perdu le contrôle. Par mesure de précaution, tous les avions sont cloués au sol. Il s'avère bientôt que les pirates ont pris le contrôle de plusieurs avions de chasse, mais aussi de navires de guerre lourdement armés...