Après l'attaque du général Mokrani et de ses hommes, les survivants connaissent désormais le visage de leur ennemi extraterrestre. Pour reprendre le contrôle sur Terre, ils cherchent à déterminer l'origine de ces aliens, et à savoir qui planifie cette invasion en coulisses. Devant les évidences, ils envisagent une explication rationnelle. Après les succès d'audience de la première saison, cette série revient avec le même casting haut de gamme pour enfin lever le voile sur les secrets de cette guerre. Deux réalisateurs se partagent le tournage des épisodes, Richard Clark et Ben A. Williams, faisant l'originalité de cette deuxième saison.