Londres, quatre mois après l'attaque. Les survivants organisent la Résistance. Bill poursuit ses recherches sur les aliens et comprend que leur ADN est humain mais que leurs organes souffrent de dégénérescence. Accompagné de Chloé et de Sacha, Jonathan, lui, continue de chercher sa famille. Dans un vaisseau déserté, Tom retrouve sa soeur Emily disparue depuis plusieurs mois. Parallèlement en France, un alien dissident grièvement blessé, parvient jusqu'à l'Observatoire...